蓝晶房地产公司2005年通过招拍挂取得土地一宗，并取得土地出让金票据，金额5000万元。受资金限制，蓝晶公司决定与他人合作开发。蓝晶公司以该宗土地作价6000万元，与A公司成立天晶房地产合资公司，共同开发该宗土地。截至目前，该宗土地所规划开发项目销售完毕，天晶公司面临土地增值税清算。在确定土地增值税扣除项目时，税务人员认为该宗土地应以原始价值5000万元作为土地清算成本，天晶公司认为该宗土地是由投资方作价投资来的，应以6000万元计入土地使用权成本。很显然，土地成本相差1000万元将直接影响清算税额的多少，天晶公司到底该如何处理？

　　由于蓝晶房地产公司以土地作价入股发生在财税[2006]21号文件发布之前，所以其土地作价入股投资增值免征土地增值税，天晶房地产公司项目开发销售的增值额则要按规定征收土地增值税。但以上文件并没有说明接受投资土地清算时成本如何扣除。若遵照企业所得税计税成本处理，则土地增值税扣除项目土地成本应为6000万元，但是由于土地增值税具有地域管理特点，并已逐渐成为当前房地产税收调控下的主要工具，因此，具体扣除上不能直接沿用企业所得税计税成本的处理方法。例如，青岛市地税局下发的《房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答》（青地税函[2009]47号）规定，房地产开发企业以接受投资方式取得的土地使用权，根据有关文件的规定，此类情形以财税[2006]21号文件的执行日期为界限，分两种情况确认土地成本：①2006年3月2日之后，在投资或联营环节，已对土地使用权投资确认收入，并对投资人按规定征收土地增值税的，以征税价格作为被投资企业取得土地使用权所支付的金额据以扣除。②2006年3月2日之前，以土地作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税清算时，应以投资者取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除，投资或联营时形成的土地使用权溢价不得扣除。若参照该文件执行，土地增值税扣除只能按照5000万元确定土地成本。所以，土地增值税清算纳税实务中，房地产企业要多关注地方政策的具体规定。

     从企业所得税的角度看，蓝晶公司以土地作价入股所发生的非货币性资产交换应视同销售，销售额为6000万元，资产溢价1000万元要计入应纳税所得额。相对应的是，天晶公司企业所得税计税成本应当按照对价6000万元计算确定，不存在异议。但土地增值税的处理有既定的原则，是否可以按照6000万元计入土地增值税扣除项目尚需具体分析。

　　财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）第一条规定，对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税。对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。财政部、国家税务总局《关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第四条规定，对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用财税字[1995]48号文件第一条暂免征收土地增值税的规定。